[保留][转贴]切削半径切削选择方法

时间:2019-05-09 来源:365bet体育在线平台 作者:365bet体育开户官网
原始地址: - 注册切割半径的选择:dubo20081。
截止半径的目的不是为了避免重复计算,而是为了减少分子之间长程相互作用的计算时间。
对于每个分子,MD仅计算以分子为中心的球体中的所有粒子的相互作用,该球体具有切割半径。
离开的人并不多。
为了获得准确的结果,Cutoff当然越大越好。
然而,
与时间消耗直接相关的截止值计算为随着半径的立方数增加的分子数(分子量与体积成比例,体积= 3/4 *π* r ^ 3)。
因此,截止当然应该尽可能小以节省模拟时间。
多少钱?
它不能太小。否则,粗心的交互会影响计算的准确性,并可能导致结果出现大的错误。
通常的做法是用不同的截止值计算整个系统的能量,然后注意,如果用能量前切割的包裹增加动力切割曲线,它将会低得多。然后逐渐平滑,直到它变直。
这意味着超过一定的切割,可以忽略分子间效应。在这种情况下,您可以通过增加没有鸵鸟的切割来减少这个拐点。

------分隔线----------------------------